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Nissl染色染色后呈蓝紫色，常用于显示脑或脊髓的基本神经结构。Nissl小体大而数量多，说明神经细胞合成蛋白质的功能较强;相反在神经细胞受到损伤时，Nissl小体的数量会减少甚至消失。
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阿尔新蓝属于阳离子染料，是显示酸性黏液物质最特异的染料，染料与酸性基团形成盐键。利用染料的不同pH及不同电解质浓度，可区分酸性黏液物质的类别。具有金属光泽的墨绿色结晶。主要可用于粘蛋白染色，细菌染色，润滑液中作为胶凝剂。
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甲苯胺蓝(Toluidine blue)中的阳离子有染色作用，组织细胞的酸性物质与其中的阳离子相结合而被染色。可染细胞核使之呈蓝色;肥大细胞胞质内含有肝素和组织胺等异色性物质遇到甲苯胺蓝可呈异染性紫红色，可用于尖锐湿疣的初筛及肥大检测。
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番红O(也称作番红或基本红2或藏红T)是个用在组织学和细胞学的生物染色剂。番红在一些染色的实验计划表中用作复染剂，将所有的细胞核染成红色。这在革兰氏染色和内孢子染色都是典型的复染剂。它也可以被用来检测软骨、黏蛋白和肥大细胞的颗粒。
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油红O在日常病理诊断和科研工作中为了显示组织内的脂肪常采用油红O进行染色的方法，油红O为脂溶性染料，在脂肪内能高度溶解，可特异性的使组织内甘油三酯等中性脂肪着色。
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天狼猩红染色是利用胶原蛋白聚合及其缠绕螺旋排列不同的特点,使用天狼星红苦味酸染色法,在偏振光显微镜下,可以根据双折光性和着色的不同,分别显示出四型胶原纤维。
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Masson染色是用两种或三种阴离子染料混合，原纤维呈蓝色，肌纤维呈红色。用来显示组织中纤维以及炎性因子的染色方法之一。
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